在那遥远的宇宙那一边来自未知世界的威胁正在步步逼近恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来……西历2000年伴随着人类科学的不断发展人类迎来了凭借G反应机关获得梦之能源的光辉时代在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车闪电号时速500公里行程15小时的开通式上素不相识的比利其姆拉贝尼卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中就在眼前的闪电号列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了……比利和贝尼开始追查事件缘由经过调查他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件事实真相被不置可否地掩盖人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着国连为了查明原因设立了极秘的地球防卫组织迷宫机关与即将发生的恐怖事件相对抗在偶然的机会下比利和贝尼开始与迷宫机关共同行动二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……